Ngày 14/8, Thiếu tướng Tô Ân Xô, Chánh Văn phòng Bộ Công an cho biết, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế và buôn lậu, Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố, khám xét và bắt tạm giam đối với 4 bị can: Đinh La Thăng (từng là Bộ trưởng Giao thông vận tải); Nguyễn Hồng Trường (từng là Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải); Nguyễn Chí Thành (quyền Vụ trưởng Vụ Tài chính, Bộ Giao thông vận tải); Lê Trung Cường (chuyên viên Vụ Tài chính, Bộ Giao thông vận tải).
Ông Đinh La Thăng hiện đang thụ án 30 năm tù giam, liên quan đến các vụ án trước đó. Trong khi ông Nguyễn Hồng Trường hiện đã nghỉ hưu, đang là Chủ tịch Hội an toàn giao thông Việt Nam.
Ông Nguyễn Hồng Trường sinh năm 1957, từng làm Phó chủ tịch UBND tỉnh Nghệ An. Tháng 4/2007, ông được Thủ tướng bổ nhiệm giữ chức Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải và giữ chức này đến năm 2017.
Ngày 25/9/2019, ông Nguyễn Hồng Trường bị xoá tư cách nguyên Thứ trưởng Giao thông Vận tải (giai đoạn 2011 - 2015 và 2016 - 2017) vì có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng và Ban Bí thư đã kỷ luật về Đảng.
Ngày 16/7/2019, Ban Bí thư cách chức Ủy viên Ban cán sự đảng Bộ Giao thông vận tải (nhiệm kỳ 2011-2016, 2016-2021) đối với ông Nguyễn Hồng Trường; yêu cầu cấp có thẩm quyền xử lý kỷ luật về hành chính đối với ông này đồng bộ với kỷ luật về Đảng.
Ông Nguyễn Hồng Trường được xác định trong thời gian giữ cương vị Ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng, Trưởng ban chỉ đạo đổi mới và phát triển doanh nghiệp Bộ Giao thông Vận tải, cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban cán sự đảng Bộ này.
Ông Trường cũng chịu trách nhiệm cá nhân về ký các quyết định phê duyệt giá trị doanh nghiệp, phương án cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại nhiều doanh nghiệp, đơn vị thuộc Bộ Giao thông Vận tải; đề nghị Thủ tướng phê duyệt phương án cổ phần hóa, cho cổ phần hóa..., không đúng thẩm quyền, vi phạm các quy định của pháp luật về cổ phần hóa, quản lý vốn tại các doanh nghiệp...
Đầu tháng 7/2019, Uỷ ban Kiểm tra trung ương cũng đã kỷ luật cảnh cáo ông Nguyễn Văn Công; khiển trách các ông Nguyễn Ngọc Đông, Nguyễn Nhật. Theo cơ quan kiểm tra, Ban cán sự Đảng Bộ Giao thông Vận tải đã vi phạm nghiêm trọng nguyên tắc tập trung dân chủ và quy chế làm việc; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, thiếu kiểm tra, để xảy ra nhiều vi phạm trong thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại một số doanh nghiệp thuộc đơn vị này.