Theo Bộ Y tế, thời gian qua, một số cơ quan truyền thông đại chúng đưa tin chưa phù hợp với thực tế như Bộ Y tế chậm trễ ban hành quy chuẩn sản phẩm sữa tươi phục vụ trong Chương trình sữa học đường gây khó khăn cho doanh nghiệp và người dân băn khoăn trong việc lựa chọn sản phẩm cho các cháu sử dụng khi năm học mới bắt đầu. Về việc này, Bộ Y tế thông tin, ngày 8/7/2016, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 1340/QĐ-TTg về việc Phê duyệt Chương trình sữa học đường, ngay sau quyết định của Thủ tướng Chính phủ, ngày 28/9/2016 Bộ trưởng Bộ Y tế đã ban hành Quyết định số 5450/QĐ-BYT về Quy định tạm thời đối với sản phẩm sữa tươi phục vụ chương trình sữa học đường và ban hành nhiều văn bản hướng dẫn các địa phương tổ chức thực hiện Chương trình sữa học đường.
Trong hướng dẫn, Bộ Y tế nhấn mạnh: Sản phẩm dùng trong Chương trình sữa học đường phải sử dụng nguyên liệu đạt quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về sữa tươi nguyên liệu theo Thông tư số 29/2017/TT-BNNPTNT ngày 29/12/2017 của Bộ NNPTNT. Nguyên liệu sữa tươi này khi sản xuất thành sản phẩm sữa học đường phải đạt yêu cầu theo quy định tại Quyết định số 5450/QĐ-BYT ngày 28/9/2016 của Bộ Y tế. Qua công tác giám sát, hiện có 15 tỉnh đã và đang triển khai chương trình bằng các nguồn kinh phí của Nhà nước, doanh nghiệp và người dân,… đặc biệt, tỉnh khó khăn như Sơn La vẫn dành kinh phí của địa phương ưu tiên triển khai chương trình.