Trong bản kết luận điều tra về vụ án “L*a đ*o chiếm đoạt tài sản, vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí; Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi” xảy ra tại Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan, Cơ quan điều tra đã làm rõ, ngày 8.11.2011, ông Đinh La Thăng sau 3 tháng nhậm chức Bộ trưởng Bộ GTVT đã ký văn bản số 7331/BGTVT-TC gửi Thủ tướng Chính phủ và kiến nghị: Bộ GTVT thống nhất chủ trương tiếp nhận lại quyền thu phí từ BEDC, tìm đối tác trong và ngoài nước để đàm phán chuyện giao quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Quá trình quản lý việc thanh toán tiền trúng đấu giá, ngay khi Công ty Yên Khánh thanh toán không đúng hạn hợp đồng, Tổng công ty Cửu Long đã có 12 văn bản báo cáo Bộ GTVT và Bộ GTVT đã có 12 văn bản chỉ đạo nhưng đều “không đề nghị chấm dứt trước hạn hợp đồng theo quy định, thu hồi quyền thu phí”. Trong đó, CQĐT đã xác định Nguyễn Hồng Trường ký 9 văn bản, ông Nguyễn Văn Thể (khi đó là Thứ trưởng Bộ GTVT) ký 3 văn bản.
Cụ thể, văn bản ngày 31.8.2015 do ông Nguyễn Văn Thể, Thứ trưởng Bộ GTVT ký, gửi Tổng công ty Cửu Long, Công ty Yên Khánh (trả lời Văn bản số ngày 28.8.2015) với nội dung chỉ đạo: Yêu cầu Công ty Yên Khánh căn cứ Thông báo kết luận số 757/TB- BGTVT ngày 20.8.2015 của Bộ GTVT để khẩn trưong thực hiện thanh toán theo đúng tiến độ đã cam kết với Bộ GTVT (thực hiện nộp tiếp 100 tỉ đồng trước ngày 28.8.2015 và nộp hết số tiền còn lại trước ngày 30.9.2015). Giao Tổng công ty Cửu Long có trách nhiệm làm việc và yêu cầu Công ty Yên Khánh thực hiện việc thanh toán theo đúng cam kết nêu trên; báo cáo Bộ GTVT kết quả thực hiện đối với đợt thanh toán số tiền còn lại.
Văn bản ngày 8.10.2015 do ông Nguyễn Văn Thể, Thứ trưởng Bộ GTVT ký, gửi Tổng công ty Cửu Long (trả lời Văn bản ngày 22.9.2015), nội dung chỉ đạo: Theo báo cáo của Tổng công ty Cửu Long, thời điểm hiện nay Công ty Yên Khánh vẫn chưa thực hiện nộp hết số tiền còn lại như đã cam kết, vì vậy Bộ GTVT yêu cầu Tổng công ty Cửu Long khẩn trương làm việc với Công ty Yên Khánh để thực hiện nộp đầy đủ số tiền mua quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương theo đúng quy định và cam kết của Công ty Yên Khánh…
Ngoài các văn bản nêu trên, khi Tổng công ty Cửu Long có báo cáo đề xuất chấm dứt hợp đồng, Nguyễn Chí Thành (nguyên Phó vụ trưởng Vụ Tài chính, Bộ GTVT) đã tham mưu soạn thảo để trình Thứ trưởng Nguyễn Văn Thể ký Tờ trình ngày 22.6.2015 gửi ông Đinh La Thăng về tình hình thực hiện hợp đồng mua quyền thu phí cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Ngày 23.6.2015, ông Đinh La Thăng ghi ý kiến chỉ đạo phía trên của tờ trình: “Đề nghị anh Thể chỉ đạo giải quyết theo đúng hợp đồng hai bên đã ký và đúng quy định của pháp luật. Tuy nhiên cũng cần phải làm rõ trách nhiệm của nhà đầu tư và các cơ quan quản lý nhà nước, Tổng công ty Cửu Long”. Nhận ý kiến trên, ông Nguyễn Văn Thể ghi ý kiến chỉ đạo tiếp theo phía dưới bút phê của ông Đinh La Thăng: “Gấp, yêu cầu Tổng công ty Cửu Long, Vụ Tài chính, Pháp chế... làm việc lại với Công ty Yên Khánh thảo luận từng vấn đề cụ thể, có kết luận rõ ràng, dứt khoát (mời các bên có liên quan cũng dự họp)".
Như vậy, Cơ quan điều tra kết luận xuyên suốt quá trình thực hiện Đề án chuyển giao quyền thu phí cao tốc TP.HCM - Trung Lương từ khi lập, hoàn thiện đề án; Tổ chức bán đấu giá; Quản lý hợp đồng bán quyền thu phí, đã có các sai phạm của Bộ trưởng Bộ GTVT, Hội đồng bán đấu giá, Tổ thường trực giúp việc, Tổng công ty Cửu Long để Công ty Yên Khánh của Đinh Ngọc Hệ (Út "trọc") trúng đấu giá.
Trách nhiệm của các sai phạm trên thuộc về ông Đinh La Thăng, Nguyễn Hồng Trường… Hành vi sai phạm của từng cá nhân tại từng giai đoạn được Cơ quan điều tra xác định có mối liên hệ chặt chẽ với nhau, không tách rời dẫn đến gây hậu quả thất thoát, thiệt hại cho Nhà nước số tiền hơn 725 tỉ đồng.