Hội chứng TNDDTQ còn được gọi là viêm thực quản trào ngược và có các triệu chứng khá giống nên rất dễ bị nhầm lẫn với các bệnh như viêm loét dạ dày, tá tràng hay viêm thanh quản... Những triệu chứng rõ nét nhất của hội chứng TNDDTQ có thể kể đến như: Cảm giác nóng rát: sau xương ức giữa ngực, hay xảy ra sau bữa ăn hoặc lúc cúi mình về phía trước, hoặc lúc nằm ngửa; đau nóng rát khu trú ở bụng trên... Ợ chua, buồn nôn, nôn kèm theo tình trạng khó nuốt cũng là triệu chứng đặc trưng của TNDDTQ. Các biểu hiện về tai mũi họng: họng mất cảm giác; cảm giác nuốt nghẹn như có dị vật hoặc vướng, sau xương ức hay sau yết hầu; viêm họng hay tái phát; khản tiếng, sáng dậy khản đặc rồi hết nhanh... Các biểu hiện ở phổi: khó thở ban đêm do hít phải dịch vị acid vào phế quản, ít gặp nhưng nặng. Có khi có cơn như hen suyễn. Đau ngực: TNDDTQ là nguyên nhân thông thường nhất của đau ngực không do bệnh tim. Đau thường sau bữa ăn hoặc ban đêm; đau kéo dài nhiều giờ, sau xương ức, không lan sang bên. Khởi phát đau có liên quan tới một đợt trào ngược dịch vị acid.