Ký sinh trùng sốt rét kháng Thuốc là vấn đề hết sức nghiêm trọng. Trong những thập kỷ gần đây có sự gia tăng nhanh chóng và sự lan rộng ký sinh trùng P.falciparum kháng lại các Thuốc sốt rét hiện có, chủ yếu là sử dụng cho phòng bệnh, từ điều trị không đúng phác đồ, hoặc dùng không đủ liều...
Theo WHO, kháng Thuốc là “khả năng một chủng ký sinh trùng có thể sống sót và phát triển mặc dù bệnh nhân đã được điều trị và hấp thu một lượng Thuốc, hoặc chính xác trong máu bệnh nhân đã có nồng độ Thuốc mà trước đây vẫn ngăn cản và diệt được ký sinh trùng số rét đó”. Sự kháng như vậy có thể là tương đối (với liều lượng cao hơn mà vật chủ dung nạp được vẫn diệt được ký sinh trùng) hoặc kháng hoàn toàn (với liều lượng tối đa mà vật chủ dung nạp được nhưng không tác động vào ký sinh trùng).
- Đề kháng tự nhiên: Ký sinh trùng đã có tính kháng từ trước khi tiếp xúc với Thuốc, do gen của ký sinh trùng biến dị tự nhiên, tính kháng Thuốc được di truyền qua trung gian nhiễm sắc thể. Ký sinh trùng có thể kháng chéo như P.falciparum kháng cloroquin cũng có thể kháng với amodiaquin.
- Đề kháng mắc phải: Ký sinh trùng nhạy cảm với Thuốc, sau một thờ i gian tiếp xúc, trở thành không nhạy cảm nữa, do đột biến ở nhiễm sắc thể, tiếp nhận gen đề kháng từ bên ngoài qua plasmid hoặc transposon (gen nhẩy) của ký sinh trùng.
Cho đến nay chưa có một giải thích hoàn toàn sáng tỏ về cơ chế kháng Thuốc của ký sinh trùng sốt rét, có một số giả thuyết như sau:
- Do FPIX có ái lực yếu với cloroquin, nên cloroquin không tạo được phức “FPIX - cloroquin”, vì vậy Thuốc không hủy được màng và diệt ký sinh trùng.
- Ở chủng ký sinh trùng kháng cloroquin “protein gắn heme” (hemin-binding-protein), tăng số lượng và ái lực với FPIX, protein này sẽ cạnh tranh với cloroquin để tạo phức với FPIX, làm mất tác dụng của cloroquin.
- P.falciparum có thể có 2 gen mă hóa chất vận chuyển đa kháng Thuốc MDR (multi drug resistant) là Pfmdr 1 và Pfmdr 2, gen này làm tăng sự vận chuyển P -glycoprotein quá mức trên màng và gây tăng thải trừ cloroquin. Pfmdr 1 có trong chủng ký sinh trùng kháng với mefloquin, halofantrin nhưng không tăn g trong chủng ký sinh trùng kháng cloroquin.