Trong suốt chiều dài lịch sử tồn tại và phát triển hàng nghìn năm của mình, chùa Quỳnh Lâm luôn giữ vai trò là một trung tâm Phật giáo lớn, là một thắng cảnh nổi tiếng của vùng đất xứ Đông.
Song có lẽ cũng chính về sự “nức tiếng” đó mà chùa Quỳnh Lâm phải chịu một số phận thật khác biệt, số phận thăng trầm của Trung tâm Phật giáo Quỳnh Lâm gắn liền với những bước thăng trầm của lịch sử dân tộc cũng như lịch sử Phật giáo nói riêng.
Theo truyền thuyết chùa Quỳnh Lâm được xây dựng dưới thời Tiền Lý (thế kỷ thứ 6 sau Công nguyên), nhưng các bằng chứng đáng tin cậy cho thấy chùa được xây dựng vào đầu thế kỷ XII do Thiền sư Nguyễn Minh Không – Một trong những vị quốc sư dưới thời Lý. Với sự hiện diện của Thiền sư Nguyễn Minh Không chùa nhanh chóng trở lên nổi tiếng, tại đây ông đã cho đúc một pho tượng Phật Di Lặc rất lớn, nó được xếp là một trong “An Nam tứ đại khí – 4 vật lớn nhất của An Nam”.
Nguyễn Minh Không là một Thiền sư, Pháp sư dưới thời Lý, ông được nhà Lý phong là Quốc sư nên còn được gọi là Lý Triều Quốc Sư và gọi tắt la Lý Quốc Sư. Lý Quốc sư Nguyễn Minh Không tên thật là Nguyễn Chí Thành (阮志誠) sinh tại xã Đàm Xá, phủ Tràng An (nay là làng Điền Xá, xã Gia Thắng, Gia Viễn, Ninh Bình). Tương truyền, sau khi lên ngôi không được bao lâu, tháng 3 năm 1136 Vua Lý Thần Tông bệnh nặng, lông lá mọc khắp cơ thể, gầm thét như hổ suốt ngày, các danh y tài giỏi được triệu đến chữa bệnh nhưng bệnh không thuyên giảm. Tức thì trong dân gian, trẻ con ca rằng:
Vua bèn sai sứ tìm khắp dân gian mới gặp được sư. Sư đến, đem theo một cái đinh lớn, dài hơn 5 tấc, đóng vào cột, lên tiếng nói: "Ai có thể nhổ cái đinh đó ra thì trước đáng được tôn trọng". Nói thế ba lần, chẳng ai dám làm. Sư lại lấy hai ngón tay trái cầm vào thì đinh theo chúng mà ra. Mọi người đều khiếp phục. Khi gặp vua, Sư lớn tiếng nói: "Ðấng đại trượng phu, giàu sang bốn bể, há lại làm ra những điều cuồng loạn đấy ư?" Vua rất run sợ, Sư sai lấy một vạc lớn đựng nước nấu sôi tới cả trăm lần, dùng tay quậy lên khoảng bốn lần, rồi tắm vua trong đó. Bệnh liền bớt ngay. Sau khi khỏi bệnh, cảm phục tài năng, Vua Lý Thần Tông phong ông là Quốc sư, tha thuế dịch cho vài trăm hộ.
Thiền sư Nguyễn Minh Không còn được các làng nghề đúc đồng tôn thờ là ông tổ đúc đồng với tên gọi là Khổng Minh Không, ông được cho là có quyền năng hô gọi đồng từ các nơi quy tụ về, vì thế ông cũng được cho là người đúc các vận dụng lớn của thời Lý như chuông Quy Điền (chùa Diên Hựu), Phật Di lặc tại chùa Quỳnh Lâm, 2 vật khí này là 2 trong 4 vật khí được tôn xưng là “An Nam tứ khí”
Bia Trùng tu tái tạo Tiên Du sơn đệ nhất Quỳnh Lâm tự cho biết Thiền sư Nguyễn Minh Không xây chùa và đúc tượng trong đó tượng Phật Di Lặc “cao 6 trượng 60 thước,...dựng Thượng điện 5 tầng cao 70 thước, rộng 50 thước.
Ngoài những mô tả ngắn ngủi trên dấu ấn chùa Quỳnh Lâm thời Lý còn có thể cảm nhận qua tấm bia lớn và thành bậc hiện còn trong khuôn viên chùa. Bia cao 2,46m, rộng 1,53m dầy 0,25m đây là một trong những tấm bia lớn nhất của thời Lý hiện còn. Trán bia trang trí đôi rồng vờn cầu lửa, diềm được trang trí các hình rồng nối đuôi nhau thành một bằng dài, phần hông cũng được trang trí hình rồng cuộn tròn trong những ô vuông với đường nét tinh sảo. Đến thời Lê Trung hưng, khi trùng tu chùa, người ta đã khắc lại nội dung văn bia, một mặt của tấm bia, trán và diềm bia được khắc lại với đôi rồng chầu mặt nguyệt ở trán và rồng nối đuối nhau ở diềm bia. Do vậy trên bia hiện nay có họa tiết hình rồng đặc trưng của hai thời kỳ khác nhau là rồng thời Lý và rồng thời Lê Trung hưng.
Nhà Trần vốn quê ở Đông Triều sau đó chuyển xuống vùng Nam Định, Thái Bình thuộc hạ lưu sông Hồng cư trú, khai hoang, lập ấp rồi phát tích từ đó. Năm 1237 sau “biến loạn sông cái” , vua Trần Thái Tông đem đất Yên Phụ, Yên Dưỡng, Yên Sinh, Yên Hưng và Yên Bang cho Trần Liệu là ấp thang mộc và phong làm An Sinh vương. Tại đây An Sinh vương cho xây dựng phủ đệ, tổ miếu thờ tổ tiên và cha mình. Năm 1299 vua Trần Nhân Tông xuất gia tu hành theo 12 hạnh đầu đà tại Yên Tử và hóa Phật ở Am Ngọa Vân trên núi Bảo Đài cách không xa Quỳnh Lâm, trong quá trình tu hành đó hẳn Quỳnh Lâm là nơi Phật hoàng thường xuyên lui tới. Tuy nhiên Quỳnh Lâm chỉ được sử sách nhắc đến với tư cách là một trung tâm đào tạo tăng tài lớn của Thiền phái Trúc Lâm dưới thời của Pháp Loa, tổ thứ hai của Thiền phái Trúc Lâm. Năm 1308 Pháp Loa được Phật hoàng truyền Y, Bát tại Cam Lộ Đường chùa Siêu Loại, nối dòng Thiền Trúc Lâm và trở thành tổ thứ hai của Thiền phái Trúc Lâm. Sau khi trở thành người đứng đầu của dòng phái ông đã cho mở mang và xây dựng chùa Quỳnh Lâm thành một tự viện, một trung tâm đào tạo tăng tài của Thiền phái Trúc Lâm, đồng thời là một trung tâm Phật giáo lớn đương thời, nơi tổ chức các sự kiện Phật giáo lớn của Đại Việt đầu thế kỷ XIV.
Năm 1317, Pháp Loa bắt đầu cho mở mang và xây dựng chùa Quỳnh Lâm thành một trong những trung tâm đào tạo lớn của Thiền phái Trúc Lâm, Quỳnh Lâm trở thành một tự viện lớn. Trong công cuộc xây dựng và mở rộng tự viện Quỳnh Lâm, Tư đồ Văn Huệ vương (Trần Quang Triều) làm thí chủ, ông cúng 4.000 quan tiền, nhiều đất đai và gia nô vào chùa làm của Tam bảo. Nhiều quan lại, quý tộc nhà Trần cũng phát tâm công đức tiền bạc, đất đai và gia nô. Theo ghi chép của sách Tam tổ thực lục, đến năm 1324 các vương hầu, quý tộc nhà Trần đã cúng tổng cộng hơn 1.000 mẫu ruộng cùng hơn nghìn gia nô làm của tam bảo chùa Quỳnh Lâm. Tự viện Quỳnh Lâm có đất tam bảo ở khắp mọi nơi bởi vậy có câu “Sân chùa muống, ruộng chùa Quỳnh”.
Trong suốt thời gian từ 1317 đến 1330 tức là từ khi Pháp Loa khai mở Quỳnh Lâm viện cho đến khi Ngài mất, bên cạnh là một trung tâm đào tạo tăng sinh lớn của Thiền phái Trúc Lâm, là chốn “tùng lâm” khang trang, nhộn nhịp thì chùa Quỳnh Lâm còn là nơi các vương hầu, quý tộc nhà Trần thường xuyên lui tới, liền giáp với chùa Trần Quang Triều cho mở Bích Động thi xã.
Trần Quang Triều (1287-1325) là con trai trưởng Trần Quốc Tảng, cháu nội Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn và có cụ tổ bốn đời là An Sinh Vương Trần Liễu, chủ nhân của vùng đất An Sinh. Trần Quang Triều có biệt hiệu là Cúc Đường. Ông được phong chức Tư đồ Văn Huệ Vương từ khi 14 tuổi, làm quan tới chức Nhập nội Kiểm hiệu tư đồ, đóng góp đáng kể vào sự hưng thịnh của triều Trần. Bích Động Thi xã do ông sáng lập và là chủ soái là nơi hội tụ những nhà tri thức lớn đương thời như Nguyễn Ức, Nguyễn Sưởng, Nguyễn Trung Ngạn,.. Bích Đông thi xã là hội thơ sớm nhất của nền thi ca phong kiến Việt Nam, do vậy nhiều người xếp Bích Động thi xã là tiền thân của Hội nhà văn Việt Nam.
Quỳnh Lâm là nơi tổ chức các sự kiện Phật giáo lớn: Năm 1319, Pháp Loa kêu gọi tăng nhân, phật tử trích máu để in 5.000 cuốn kinh Đại Tạng và lưu giữ tại Quỳnh Lâm, Thượng hoàng Trần Anh Tông tự chích máu mình viết Đại Tạng kinh cỡ nhỏ gồm 20 hộp cũng được lưu giữ tại đây. Sáu năm sau, năm 1325 Pháp Loa tổ chức lễ hội nghìn tượng Phật, lễ hội diễn ra trong 7 ngày 7 đêm, đồng thời cho xây dựng 2 tòa tháp để rước xá lị của vua Trần Nhân Tông về lưu giữ tại Quỳnh Lâm; Năm 1327 Pháp Loa cho đúc pho tượng Di Lặc cao 1 trượng 6 thước (5,28m); Tháng 3 năm Mậu Thìn, niên hiệu Khai Thái thứ 5 (1328), Bảo từ Hoàng thái hậu, Bảo Huệ Quốc mẫu và sư Pháp Loa đã tập hợp chư tăng mười phương về Quỳnh Lâm, thiết lễ Đại trai đàn chuyển Tạng mười ngày đêm, cúng tiến Thượng hoàng Trần Anh Tông và Quốc Khảo Hưng nhượng đại vương, vua Trần Minh tông tham dự, nhân đó Pháp Loa đã nhờ cấm quân rước đại tượng Di Lặc (được đúc năm 1327) lên nền điện rồi đưa lên bảo tòa thếp vàng. Tháng 11 năm Khai Hựu thứ nhất 1329 làm lễ điểm nhãn tượng Phật Di lặc, như vậy sau gần 3 năm việc đúc tượng Di Lặc mới hoàn thành và chắc hẳn tòa nhà nơi đặt tượng cũng to cao không kém gì tòa Thượng Điện 5 tầng thời Lý. Quỳnh Lâm cũng là nơi đệ nhị tổ Pháp Loa giảng hội kinh thứ năm và hội thứ chín kinh Hoa Nghiêm, mỗi buổi giảng thu hút hàng nghìn người tới nghe.
Ngày nay các công trình chùa tháp, điện thờ được xây dựng dưới thời Trần không còn nữa nhưng khắp khuôn viên chùa chỗ nào cũng tìm thấy dấu vết vật chất của thời kỳ vàng son của tự viện Quỳnh Lâm. Tại đây còn lại nhiều gạch ngói, đồ gốm sứ, những vật dụng hàng ngày, những hình lá đề cân trang trí hình rồng gắn trên ngói mũi sen lợp mái chùa, lá đề lệch trang trí hình rồng và tượng rồng trang trí trên nóc chùa còn lại cho chúng ta hình dung phần nào về quy mô to lớn và sự lỗng lẫy của kiến trúc chùa Quỳnh Lâm, dưới thời Trần. Kiến trúc chùa Quỳnh Lâm thời Trần là kiến trúc Phật giáo hoàng gia. Các đồ thờ cúng, vật dụng hàng ngày như chân đèn, bát hương, bát, đĩa, vv.. cho ta những góc nhìn về đời sống nơi tự viện Quỳnh Lâm gần 700 năm về trước.
Cùng với sự phát triển của Phật giáo thời Trần, tự viện Quỳnh Lâm ngày càng phát triển, nó không chỉ thể hiện ở sự mở rộng về quy mô của bản thân Tự - Viện Quỳnh Lâm mà còn thể hiện ở việc hàng loạt các chùa vệ tinh được xây dựng như Bác Mã, Hồ Thiên, Thanh Mai,..vv, tạo thành một hệ thống các chùa vệ tinh quanh Quỳnh Lâm. Cùng với các chùa Hoa Yên, Long Động (chùa Lân) và Ngọa Vân, Quỳnh Lâm và hệ thống các chùa vệ tinh của nó đã biến khu vực An Sinh thành trung tâm Phật giáo Việt Nam dưới thời Trần. Với hệ thống lăng tẩm, đền miếu nhà Trần được xây dựng ở An Sinh và hệ thống chùa tháp của Thiền phái Trúc Lâm đã biến An Sinh thành một trung tâm văn hóa tôn giáo, tín ngưỡng và tâm của nhà Trần.
Đầu thế kỷ XV, khi giặc Minh xâm lược Đại Việt, với chính sách đồng hóa của Minh Thành Tổ, quân Minh đã phá hủy nhiều công trình kiến trúc, văn hóa của Đại Việt, tương truyền tứ đại khí của An Nam cũng bị quân Minh phá để lấy đồng đúc súng đánh lại quân dân Đại Việt và chùa Quỳnh Lâm hẳn ít nhiều cũng bị ảnh hưởng. Sau khi chiến thắng quân Minh, năm 1428 Lê Lợi lên ngôi, lập lên nhà Lê, lấy Nho giáo là nền tảng tư tưởng, Phật giáo vì thế suy yếu, chùa chiền không được trú trọng, trong bối cảnh đó Tự Viện Quỳnh Lâm cũng ít được trùng tu, xây dựng. Cuối thế kỷ XV, đầu thế kỷ 16, nền quân chủ chuyên chế Nho giáo thời Lê Sơ bước vào giai đoạn khủng hoảng, nhiều cuộc khởi nghĩa nông dân nổ ra. Năm 1516, Trần Cao đã dấy binh khởi nghĩa và lấy chùa Quỳnh Lâm làm trụ sở, cuộc khởi nghĩa thất bại, tự viện Quỳnh Lâm được xây dựng dưới thời Trần có lẽ đến đây đã bị phá hủy hoàn toàn.
Thế kỷ XVI-XVIII, nằm trong phong trào phục hưng của Phật giáo, chùa Quỳnh Lâm cũng được phục hồi và tiếp tục phát triển, giữ vai trò là một trong những trung tâm của Phật giáo Việt Nam. Trong giai đoạn này, chùa gắn liền với sự nghiệp phục hưng Thiền phái Trúc Lâm của Chân Nguyên thiền sư và các đệ tử của ông vào nửa cuối thế kỷ XVII, đầu thế kỷ XVIII. Trong giai đoạn này nhiều đợt trùng tu, xây dựng mới được tiến hành, cùng với đó là việc biên soạn kinh sách Phật giáo cũng được thực hiện tại đây.
Sau thời gian có phần lắng xuống ở thời Lê sơ, thế kỷ XVI, đặc biệt là bước sang thế kỷ XVII, XVIII khi Nho giáo ngày càng đi vào giáo điều, chế độ phong kiến Việt Nam bước vào thời kỳ khủng hoảng trầm trọng, nội chiến triền miên, nông dân ngheo khổ, phiêu tán, niêm tin bị khủng hoảng,... thì Phật giáo và các tín ngưỡng dân gian được phục hưng, trong đó đặc biệt là Phật giáo. Với sự hỗ trợ của tầng lớp quý tộc, Phật giáo đã nhanh chóng được phục hưng với việc chùa chiền được khôi phục và phát triển, các tông phái cũ được khôi phục, nhiều tông phái mới được du nhập. Thiền phái Trúc Lâm do Phật hoàng Trần Nhân Tông sáng lập với tư tưởng Phật giáo mang bản sắc văn hóa Đại Việt với tinh thần nhập thế, khai phóng và vị tha. Mục tiêu của Phật giáo Trúc Lâm là hướng con người vào cõi thiện, xa lánh điều ác, khai mở trí tuệ con người vào cõi chân, thiện, mỹ; con người làm chủ sinh mệnh bằng chính tâm lực và trí tuệ của mình ngay trong đời sống hiện tại nay được phục hưng mạnh mẽ. Đầu thế kỷ 17, trước sự khủng hoảng của Nho giáo, tầng lớp quý tộc nhà Lê – Trịnh một mặt vẫn lấy Nho giáo là hệ tư tưởng chính trị nhưng mặt khác cũng tìm đến Phật giáo như một bến đậu về tinh thần. Các vua Lê, chúa Trịnh, và tầng lớp quy tộc Lê – Trịnh đều phát tâm xây chùa, đúc chuông. Bia Trùng tu, tái tạo Tiên Du sơn, đệ nhất Quỳnh Lâm tự dựng năm 1629 cho biết, năm Vĩnh Tộ thứ 9 (1627), Thanh Đô vương Trịnh Tráng cho trùng tu lại chùa, sau gần hai năm xây dựng, công việc trùng tu, tôn tạo đã hoàn thành các công trình gồm Điện Phật, nhà Thiêu Hương, Tiền Đường, Giải Vũ, nhà Hậu Phật, Hành Lang tả hữu, Nhà Tăng, Nhà Kho, Tam Quan và Gác Chuông, tổng cộng 103 gian.
Dấu vết Tam Quan, Phật Điện và Thiêu Hương này đã được các nhà khảo cổ học phát hiện trong các cuộc khai quật năm 2007-2009, các phát hiện khảo cổ học còn cho thấy, trong đợt trùng tu này, ngoài các công trình kiến trúc được mô tả trong văn bia thì cảnh quan, sân vườn cũng được chú trọng, trong đó từ tam quan có một con đường dẫn thẳng đến Tiền Đường, đường rộng 2,20m, mặt đường được lát bằng gạch hoa chanh, hai bên kè bằng gạch vồ, cấu trúc sân đường này giống như cấu trúc trục thần đạo từ cửa Nam của cấm thành dẫn vào điện Kính Thiên nơi nhà vua thiết triều ở Thăng Long.
Trong suốt thế kỷ 17, chùa Quỳnh Lâm luôn được triều đình trung ương quan tâm trùng tu xây dựng. Người đi đầu trong việc phục hưng Trúc Lâm là Thiền sư Chân Nguyên. Với vai trò là một Tự-Viện lớn, trung tâm đào tạo tăng tài quan trọng bậc nhất của Thiền phái Trúc Lâm, nơi lưu giữ nhiều kinh sách kinh điển của Phật giáo, Quỳnh Lâm là nơi Thiền sư Chân Nguyên lựa chọn là điểm khởi đầu, “đại bản doanh” của phong trào phục hưng Thiền tông Trúc Lâm.
Thiền sư Chân Nguyên tên thật là Nguyễn Nghiêm, tự là Đình Lân ông sinh năm 1647 tại làng Tiền Liệt huyện Thanh Hà, nay là Làng Tiền Liệt xã Tiền Tiến huyện Thanh Hà tỉnh Hải Dương. Năm 19 tuổi khi đọc song sách Tam tổ thực lục thì cảm khái mà than rằng “Bậc khôi nguyên trong thiên hạ còn coi công danh như giầy rách, áo mũ cao sang tựa chiếc lồng tre. Huống ta một gã thư sinh, sao bằng được như thế” Sau đó ông xuất gia tu thiền tại chùa Hoa Yên (núi Yên Tử), sau thời gian theo học các vị cao tăng đương thời như Tuệ Nguyệt, Chuyết Chuyết, Minh Lương, ..., được ban pháp danh là Tuệ Đăng, sau được truyền Y Bát làm trụ trì hai tổ đình Long Động – Hoa Yên và Quỳnh Lâm. Năm 1692, ở tuổi 46, Sư được vua Lê Hy Tông gọi vào kinh để trao đổi về Thiền tông, biết Sư là người giỏi khác thường vua sắc phong Sư là Tuệ Đăng hòa thượng. Năm 1722, khi Sư 76 tuổi, vua Lê Dụ Tông phong là Tăng thống Chính Giác Hoà thượng. Ngày 28 tháng 10 năm Bính Ngọ (1726).
Tại Quỳnh Lâm, năm 1684 Chân Nguyên cho dựng tòa cửu phẩm liên hoa bằng đá. Các cuộc khai quật thăm dò khảo cổ học đã tìm thấy một số cấu kiện đá vốn sử dụng ghép bệ tháp, nhất là phần bệ đài sen cho thấy quy mô của tòa cửu phẩm liên hoa này rất lớn. Ngoài ra ông còn cho trùng tu chùa chiền, tô tượng, đúc chuông ở nhiều nơi, sưu tầm, biên khảo và soạn thảo kinh sách cho khắc in và lưu giữ tại chùa Quỳnh Lâm, lúc này Quỳnh Lâm trở lại với vai trò là Tự - Viên, một chốn tùng lâm của Phật giáp Việt Nam thế kỷ XVII.
Sau khi Chân Nguyên mất, đệ tử của ông đã cho xây dựng 2 tháp để chứa ngọc cốt của ông, tháp thứ nhất dựng ở Long Động (chùa Lân) và tháp thứ hai dựng tại chùa Quỳnh Lâm, cả hai tháp đều được gọi là Tuệ Đăng tháp . Tại Quỳnh Lâm, tháp Tuệ Đăng là tháp lớn nhất hiện còn tại khu vườn tháp, tháp được xếp bằng các khối đá xanh cao 5 tầng, tầng 1 là khám thờ, đỉnh khám có khắc hình bát quái lớn, mặt trước của tháp có đề 3 chữ Hán lớn “Tuệ Đăng tháp”. Trên thân tháp còn lại bài minh viết về cuộc đời tu hành của Chân Nguyên thiền sư.
Tiếp nối sự nghiệp phục hưng Thiền phái Trúc Lâm, để tử của Ngài Chân Nguyên là Thiền sư Như Hiện, tại Quỳnh Lâm, ông đã tiếp tục xây dựng Phật điện, đúc tượng,... Năm 1730, được sự hỗ trợ của triều đình mà trực tiếp là của chúa Trịnh Giang, toàn bộ chùa Quỳnh Lâm đã được xây dựng lại. Trong đợt xây dựng này, để cung ứng nguồn nhân lực cho việc xây dựng chùa, triều đình đã huy động tráng đinh của các huyện Đông Triều, Chí Linh và Thuỷ Đường trong nhiều năm; vật liệu cho việc xây dựng, chúa Trịnh cũng cho rỡ hành cung Cổ Bi (Gia Lâm) để lấy gỗ, cho đào sông làm đường để chở vật liệu,...
Các sách Khâm Định Việt sử thông giám cương mục; Lịch Triều hiến chương loại chí cho biết: “Tháng 10, mùa đông. Trịnh Giang sửa chữa xây dựng hai ngôi chùa Quỳnh Lâm và Sùng Nghiêm. Sửa chữa xây dựng hai ngôi chùa này, công việc phiền phức nặng nề, phải dỡ lấy gỗ ở phủ Cổ Bi thả xuống sông chở xuôi để cung cấp vào việc xây dựng. Lại hạ lệnh cho dân ba huyện Đông Triều, Thủy Đường và Chí Linh phải gánh vác công việc này, sẽ miễn cho một năm số tiền góp về đê đường và bưu đình. Về sau, lại bắt dân khơi đường sông để việc vận tải được lưu thông, dân phải kéo gỗ, xe đá, thường có hàng vạn người làm, ngày đêm không được nghỉ ngơi.”
Mặc dù đã huy động sức người, sức của trong một thời gian dài nhưng công việc xây dựng chùa Quỳnh Lâm mới chỉ hoàn thành một phần. Năm 2009, các nhà khảo cổ học đã khai quật và phát hiện nền móng kiến trúc chùa do chúa Trịnh Giang cho xây dựng từ năm 1730 – 1740. Chùa được xây dựng trên một mặt bằng rộng 5.814m2 (rộng Đông – Tây 57m; dài Bắc - Nam 102), gồm Tiền Đường, Hậu Đường, Trung Đường, Hành Lang hai bên và xen giữa là các khoảng sân lớn, nhỏ.
Ở vị trí phía Nam, cách gác chuông chùa hiện nay khoảng 30m, năm 2007 khi khai quật thăm dò di tích chùa Quỳnh Lâm các nhà khảo cổ học đã phát hiện dấu tích đường lát gạch và nền móng của tòa Tam Quan. Tam quan có kết cấu 3 gian, 4 hàng cột, mỗi hàng 4 cột.
Từ kết quả nghiên cứu khảo cổ học, các nhà khảo cổ học đã phục dựng lại mặt bằng quy hoạch tổng thể chùa Quỳnh Lâm thời Lê Trung hưng, xây dựng từ năm 1730-1740 do chùa Trịnh Giang cho xây dựng cụ thể như sau (theo hướng từ Nam lên Bắc): Hồ nước – Tam Quan – Sân – Khu trung tâm gồm: Tiền Đường, Di Lặc điện, Hậu Đường và hành lang.
Năm 1802, sau khi đánh bại nhà Tây Sơn, nhà Nguyễn thành lập, đóng đô ở Phú Xuân (Huế), lấy Nho Giáo là hệ tư tưởng chính thống, đặc biệt dưới thời Minh Mạng Nho giáo được đặc biệt đề cao, đây là giai đoạn phục hưng của Nho giáo Việt Nam.
Trong bối cảnh đất nước mới phải trải qua nhiều biến động và binh đao, Nho giáo được lựa chọn là hệ tư tưởng chính thống nhưng không vì thế mà Phật giáo kém phát triển. Tuy nhiên việc khi Kinh đô được chuyển vào Huế, Phật giáo Bắc Kỳ vì thế cũng ít được quan tâm hơn, song với vai trò và vị trí của mình chùa Quỳnh Lâm vẫn là chốn tùng lâm. Tại đây, năm 1820 Triều đình nhà Nguyễn lại tiếp tục cho trùng tu và tôn tạo lại chùa theo mô hình của thời Lê Trung hưng thế kỷ 18, ngoài việc trùng tu, chùa chùa, thời gian này còn cho đúc một quả chuông lớn (đại hồng chung), quả chuông này hiện còn lại tại chùa. Thời Thiệu Trị (1840-1847), chùa bị cháy Chính Điện và Tiền Đường, sau đó lại được xây lại, lần sửa chữa và xây lại này về cơ bản chùa vẫn giữ cấu trúc của trước đây, tường được xây lại theo kỹ thuật trình tường, phần Hậu Đường được chia nhỏ thành nhiều không gian khác nhau. Mặc dù quy mô có thể bị thu hẹp lại so với trước nhưng chùa Quỳnh Lâm vẫn là chùa lớn với hàng trăm gian. Đến năm 1910, hỏa4 hoạn lại tiếp tục thiêu trụi toàn bộ nhà cửa, gác chuông, gác trống,... nhân dân lại góp công góp sức xây dựng lại chùa, năm 1947, thực dân Pháp ném bom phá huỷ hoàn toàn ngôi chùa.
Các tháp đá trước gác chuông ngày nay được xây dựng dưới thời Nguyễn, trong đó có tòa tháp lục giác ở chính giữa có sử dụng 2 cấu kiện tháp của thời Trần, tức là tòa tháp lưu giữ xá lỵ của Phật Hoàng Trần Nhân Tông. Các di tích thời Nguyễn còn lại chủ yếu là nền móng kiến trúc được xây chồng đè lên trên các kiến trúc thời Lê Trung Hưng.
Năm 1997, Huyện ủy, UBND huyện Đông Triều đã huy động các nguồn lực, tổ chức trùng tu, tôn tạo chùa Quỳnh Lâm, công trình đã hoàn thành được Cung Trúc Lâm, Gác Chuông, Nhà bia.
Để khôi phục lại trung tâm Phật giáo Quỳnh Lâm xứng tầm với lịch sử, nhiều năm qua, được sự quan tâm của UBND tỉnh Quảng Ninh, UBND huyện Đông Triều đã phối hợp với Viện Khảo cổ học tiến hành khai quật nghiên cứu di tích, kết quả đã tìm thấy dấu vết kiến trúc của nhiều thời kỳ từ thời Trần cho đến thời Nguyễn, đặc biệt đã phát hiện và làm rõ cấu trúc mặt bằng kiến trúc thời Lê Trung hưng thế kỷ 18. Ngày 09/04/2016, nhằm ngày 3 tháng 3 năm Bính Thân, đúng ngày kỵ của đệ nhị tổ Pháp Loa, chính quyền và nhân dân và Phật tử thập phương khởi công tôn tạo lại Quỳnh Lâm theo cấu trúc kiến trúc thời Lê Trung hưng đã được khảo cổ học nghiên cứu và làm rõ, các công trình xây dựng năm 1997 sẽ được hạ giải.
Một diện mạo mới của quỳnh lâm đang được bắt đầu, và hẳn ứng với lời của tiền nhân “gian nan rồi lại hanh thông, cạn kiệt rồi lại khôi phục” chốn tổ quỳnh lâm tương lai sẽ xứng đáng với vị thế của một trung tâm phật giáo, kết nối quỳnh lâm trong tổng thể các di tích lịch sử, văn hóa nhà trần ở xứ đông nói chung và quỳnh lâm trong hệ thống chùa tháp của thiền phái trúc lâm nói riêng, quỳnh lâm sẽ lại là chốn tùng lâm vốn có của mình.
Nguyễn Văn Anh
Tạp chí Nghiên cứu Phật học số 3/2016
7.ủy ban nhân dân huyện đông triều (1990). trung tâm phật giáo quỳnh lâm. kỷ yếu hội thảo trung tâm phật giáo quỳnh lâm do ubnd huyện đông triều và viện khảo cổ học tổ chức năm 1990
8.Nguyễn Văn Anh (2008). Am Ngọa Vân qua các bằng chứng khảo cổ học. T/c Nghiên cứu Phật học, Số 5/2008.
9.Nguyễn Văn Anh (2013). Nơi lưu giữ xá lỵ của Phật Hoàng Trần Nhân Tông. T/c Giác Ngộ số 673/2012. tr12-13.
10. nguyễn văn anh (2013). trung tâm phật giáo quỳnh lâm thời lý, trần và thời lê. web:www//chuaquynhlam.vn
11.Phan Huy Chú (2006). Lịch triều hiến chương loại chí. Nxb Giáo Dục, Hà Nội.
12.Tống Trung Tín, Bùi Minh Trí, Nguyễn Văn Anh (2008). Báo cáo kết quả thăm dò di tích chùa Quỳnh Lâm 2007. Tư liệu Viện Khảo cổ học
13. Tống Trung Tín, Bùi Minh Trí, Nguyễn Văn Anh và Nnk. Báo cáo kết quả khai quật, nghiên cứu khảo cổ học di tích chùa Quỳnh Lâm năm 2009. Tư liệu Viện Khảo cổ học.