Hệ thống cấp nước của TP hiện đang được quản lý và vận hành bởi các doanh nghiệp nhà nước và tư nhân, như Tổng Công ty Cấp nước Sài Gòn TNHH MTV (công ty vốn nhà nước 100%); Công ty CP Hạ tầng nước Sài Gòn; các Công ty CP Nước B.O.O Thủ Đức…
Đối với nguồn nước mặt, Sở TN&MT thực hiện công tác quan trắc chất lượng nước với tần suất 2 lần/tháng. Mẫu nước mặt lấy lúc đỉnh triều và chân triều thấp và được phân tích theo các chi tiêu theo quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về nước mặt.
Mặc dù cơ quan quan lý nhà nước đã tăng cường nhiều giải pháp quản lý, bảo vệ nguồn nước; nhưng chất lượng nước mặt sông Đồng Nai, đặc biệt là sông Sài Gòn nhìn chung biến động và có xu hướng xấu hơn. Các chỉ tiêu như ammonia, hữu cơ, vi sinh, mangan... trong nước sông Sài Gòn ngày càng tăng.
Giải pháp khai thác nước thô hiện nay cũng đang gặp bất lợi do phụ thuộc vào việc kiểm soát chất lượng nước thải của các tỉnh. TP nằm trong lưu vực hệ thống sông Đồng Nai và sông Sài Gòn. Trong khi đó, sự phối hợp giữa các sở, ngành và giữa các tỉnh giáp ranh lưu vực sông Sài Gòn - Đồng Nai để giải quyết những vấn đề liên ngành, liên tỉnh còn chưa chặt chẽ, khiến chất lượng nguồn nước thô vẫn còn là vấn đề khó giải với địa phương.
Theo quy hoạch cấp nước đến năm 2025, nước thô được khai thác tập trung tại một số vị trí trên các dòng sông lớn (sông Đồng Nai tại Hóa An, sông Sài Gòn tại Hòa Phú). Tuy nhiên, quy hoạch chưa đề cập đầy đủ nguồn nước thay thế và các hạng mục công trình dự phòng, đảm bảo an toàn nguồn nước trong trường hợp nguồn nước mặt bị sự cố ô nhiễm.
Ngoài ra, hệ thống pháp lý về lĩnh vực cấp nước chưa đầy đủ như quy định về xử lý trách nhiệm của các đơn vị cấp nước tư nhân, điều kiện của đơn vị tham gia vào lĩnh vực cấp nước; quyền của các cơ quan quản lý nhà nước để thực hiện giám sát việc cung cấp nước sạch của các đơn vị cấp nước tư nhân; các quy chuẩn, tiêu chuẩn sử dụng trong ngành nước của Việt Nam…
UBND TP cho hay, việc đảm bảo nguồn nước sạch là công tác quan trọng, trọng tâm của địa phương nên trong thời gian tới sẽ khảo sát lưu vực hệ thống sông Đồng Nai và sông Sài Gòn để xác định vị trí xây dựng hồ chứa nước thô, vị trí xây dựng tuyến ống truyền tải nước thô từ các hồ chứa nước thô. Nghiên cứu hành lang bảo vệ nguồn nước thô và xây dựng, quản lý hệ thống quan trắc, giám sát tài nguyên nước, khai thác, sử dụng nước và xả nước thải vào nguồn nước.
TP kiến nghị Bộ Xây dựng chủ trì làm việc với các tỉnh, thành trong lưu vực sông Đồng Nai - Sài Gòn để có các giải pháp tổng thể đảm bảo nguồn nước lưu vực sông.
Ngoài ra, Bộ Xây dựng sớm hoàn thiện hệ thống tiêu chuẩn, quy chuẩn về vật liệu dùng trong ngành nước, hành lang bảo vệ nguồn nước thô, hành lang bảo vệ tuyến ống cấp nước, bể chứa nước ngầm; hoàn thiện quy định về trách nhiệm của các tổ chức có liên quan đến việc cung cấp nước sạch để phân định rõ trách nhiệm của các tổ chức khi hoạt động tham gia vào lĩnh vực cấp nước...