Tàu se12 xuất phát từ ga sài gòn lúc 15 giờ 20 phút ngày 3/10, dự kiến về đến ga ninh bình vào lúc 6 giờ 30 phút ngày 5/10. tàu se12 thực hiện đón hành khách lên tàu tại 3 ga sài gòn, dĩ an (bình dương) và biên hòa (đồng nai). đặc biệt, hành khách lên tàu tại các ga này sẽ được ngành đường sắt phân biệt bằng việc phân chia vị trí tại các toa để tiện cho việc theo dõi lịch trình di chuyển của hành khách và phối hợp cung cấp cho chính quyền địa phương khi cần.
Cụ thể: Toa 3, 4, 5, 6, 10, 11 dành phục vụ hành khách lên tàu tại ga Sài Gòn. Toa 7, 8, 9 dành phục vụ hành khách lên tàu tại ga Dĩ An. Toa 1, 2 dành phục vụ hành khách lên tàu tại ga Biên Hòa.
Toàn bộ công tác đón, tiễn hành khách tại các ga, vận chuyển trên tàu được Tổng Công ty đường sắt Việt Nam phối hợp chặt chẽ các cơ quan có thẩm quyền thực hiện, tuân thủ nghiêm các quy định về phòng, chống dịch của Bộ Y tế, Bộ Giao thông vận tải và các địa phương.
Để tổ chức chạy tàu chuyên biệt se12, ngành đường sắt sử dụng các toa xe tốt nhất hiện có; tổ chức phun khử khuẩn tại các nhà ga và toa xe trước khi đưa ra sử dụng. nhân viên phục vụ trên tàu, dưới ga đều bảo đảm đáp ứng yêu cầu theo hướng dẫn tạm thời tổ chức hoạt động vận tải hành khách của bộ giao thông vận tải về xét nghiệm sars-cov-2 và tiêm vaccine.
Tại các ga sài gòn, dĩ an và biên hòa, ngành đường sắt tổ chức đo thân nhiệt và kiểm tra thẻ lên tàu, giấy xét nghiệm covid-19 kết quả âm tính còn hiệu lực theo quy định của bộ y tế đối với hành khách. trên suốt hành trình, tàu chỉ dừng tác nghiệp kỹ thuật tại các ga theo biểu đồ chạy tàu, không mở cửa cho khách xuống dọc đường.
Hành khách khi xuống Ga Ninh Bình sẽ được đưa đi cách ly theo quy định. Đoàn tàu sau khi về đến ga Ninh Bình sẽ được phun khử khuẩn toàn bộ; các nhân viên trên tàu xuất phát về ga Sài Gòn ngay sau đó.
Cùng với việc tổ chức các đoàn tàu chuyên biệt, hiện ngành đang chuẩn bị tổ chức chạy lại tàu khách trong thời gian sớm nhất.
Trước đó, ngành đã tổ chức 6 đoàn tàu chuyên biệt đưa hơn 2.000 hành khách là công dân các tỉnh hà tĩnh, quảng trị, thừa thiên huế, yên bái về quê an toàn.