Theo quyết định của thủ tướng chính phủ, hội đồng y khoa quốc gia có các nhiệm vụ: xây dựng chuẩn năng lực nghề nghiệp cho các chức danh hành nghề khám bệnh, chữa bệnh để đơn vị chức năng thuộc bộ y tế trình bộ trưởng y tế ban hành; tham gia giám sát, đánh giá việc tuân thủ chuẩn năng lực nghề nghiệp của người hành nghề khám bệnh, chữa bệnh sau khi được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp chứng chỉ hành nghề theo đề nghị của cơ quan quản lý nhà nước về y tế và theo quy định của pháp luật. chuẩn bị các điều kiện cần thiết để tổ chức đánh giá năng lực hành nghề khám bệnh, chữa bệnh theo quy định của pháp luật: xây dựng và thử nghiệm bộ ngân hàng câu hỏi đánh giá năng lực hành nghề, xây dựng tiêu chuẩn của cơ sở tổ chức đánh giá năng lực hành nghề, xây dựng hệ thống thông tin, dữ liệu quốc gia về đánh giá năng lực hành nghề.
Phát biểu tại buổi lễ, phó thủ tướng vũ ðức ðam nhấn mạnh, việc thành lập hội đồng y khoa quốc gia là một dấu mốc quan trọng đối với hệ thống y tế, nhất là đối với người hành nghề và hệ thống đào tạo nhân lực y tế nhằm thể chế hóa nghị quyết 20-nq/tw ngày 25-10-2017 của ban chấp hành t.ư khóa xii về tăng cường công tác bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhân dân trong tình hình mới, đồng thời phù hợp thông lệ quốc tế về việc thí điểm giao cho cơ quan độc lập tổ chức cấp chứng chỉ hành nghề.
Tại buổi lễ, bộ trưởng y tế nguyễn thanh long, chủ tịch hội đồng y khoa quốc gia đề nghị các đơn vị trực thuộc, các cơ sở đào tạo, các hội nghề nghiệp và các cơ quan, đơn vị có liên quan tích cực phối hợp, hỗ trợ và tạo điều kiện tốt nhất cho hội đồng triển khai nhiệm vụ. ðồng thời đề nghị các đồng chí lãnh đạo hội đồng tập trung xây dựng kế hoạch hoạt động dài hạn và hằng năm của hội đồng bám sát các nhiệm vụ trọng tâm; nghiên cứu kinh nghiệm quốc tế về hoạt động của hội đồng để áp dụng phù hợp vào thực tiễn của việt nam; xây dựng các chuẩn năng lực hành nghề; các bộ công cụ, ngân hàng câu hỏi đánh giá năng lực hành nghề; chuẩn bị các điều kiện cần thiết để triển khai đánh giá năng lực hành nghề dự kiến từ năm 2027…