Thông tư này quy định chi tiết một số điều của Nghị định số 109/2018/NĐ-CP ngày 29/8/2018 của Chính phủ về nông nghiệp hữu cơ gồm các nội dung sau: 1. Cơ quan tiếp nhận hồ sơ, cấp số đăng ký của Tổ chức chứng nhận sản phẩm nông nghiệp hữu cơ; 2. Đánh giá để cấp và giám sát sau khi cấp Giấy chứng nhận sản phẩm phù hợp tiêu chuẩn quốc gia (TCVN) về nông nghiệp hữu cơ của Tổ chức chứng nhận; 3. Quy định về lấy mẫu và thử nghiệm mẫu sản phẩm nông nghiệp hữu cơ; 4. Kiểm tra chất lượng, thu hồi và xử lý sản phẩm nông nghiệp hữu cơ không đảm bảo chất lượng thuộc lĩnh vực quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Cụ thể, về cơ quan tiếp nhận hồ sơ chịu trách nhiệm chủ trì thẩm định để cấp, cấp lại, cấp bổ sung, sửa đổi Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chứng nhận sản phẩm phù hợp TCVN về nông nghiệp hữu cơ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hướng dẫn như sau: Tổ chức chứng nhận sản phẩm nông nghiệp hữu cơ (Tổ chức chứng nhận) đăng ký hoạt động chứng nhận sản phẩm nông nghiệp hữu cơ thuộc 1 lĩnh vực nộp hồ sơ tại cơ quan chuyên ngành của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, cụ thể như sau: Tổng cục Thủy sản là cơ quan tiếp nhận hồ sơ đối với lĩnh vực thủy sản; Tổng cục Lâm nghiệp là cơ quan tiếp nhận hồ sơ đối với lĩnh vực lâm nghiệp; Cục Trồng trọt là cơ quan tiếp nhận hồ sơ đối với lĩnh vực trồng trọt; Cục Chăn nuôi là cơ quan tiếp nhận hồ sơ đối với lĩnh vực chăn nuôi.
Tổ chức chứng nhận đăng ký hoạt động chứng nhận sản phẩm nông nghiệp hữu cơ từ 2 lĩnh vực trở lên, lựa chọn 1 cơ quan chuyên ngành trong lĩnh vực đăng ký hoạt động chứng nhận để nộp hồ sơ. Cơ quan tiếp nhận hồ sơ chủ trì, phối hợp với cơ quan liên quan để thực hiện cấp Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động.
Tổ chức chứng nhận đăng ký cấp lại, cấp bổ sung, sửa đổi Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động thực hiện nộp hồ sơ theo quy định trên.
Cơ quan cấp Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động thông báo công khai tổ chức được cấp Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động trên Cổng thông tin điện tử của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và của cơ quan cấp chậm nhất sau 5 ngày làm việc kể từ ngày cấp.
Theo Thông tư, số đăng ký của Tổ chức chứng nhận là mã số đăng ký ghi trong Mẫu số 01 của Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 109/2018/NĐ-CP. Mỗi số đăng ký chỉ cấp cho một Tổ chức chứng nhận và không thay đổi trong trường hợp cấp lại, cấp bổ sung, sửa đổi Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động. Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là cơ quan cấp và quản lý số đăng ký.
Thông tư nêu rõ, phương thức đánh giá để cấp và giám sát sau khi cấp Giấy chứng nhận sản phẩm phù hợp TCVN về nông nghiệp hữu cơ thực hiện theo điểm đ khoản 1 Điều 5 (Phương thức 5) Thông tư số 28/2012/TT-BKHCN ngày 12/12/2012 của Bộ Khoa học và Công nghệ quy định về công bố hợp chuẩn, công bố hợp quy và phương thức đánh giá sự phù hợp với tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật và TCVN 12134:2017 Nông nghiệp hữu cơ - Yêu cầu đối với tổ chức chứng nhận, tiêu chuẩn quốc tế, tiêu chuẩn khu vực, tiêu chuẩn nước ngoài được chấp thuận tại Việt Nam.
Sản phẩm nông nghiệp của các tổ chức, cá nhân đã được cấp Giấy chứng nhận sản phẩm nông nghiệp hữu cơ thì được sử dụng dấu sản phẩm tương ứng với tiêu chuẩn đã được chứng nhận.
Tổ chức, cá nhân có nhu cầu chứng nhận sản phẩm phù hợp tiêu chuẩn quốc tế, tiêu chuẩn khu vực, tiêu chuẩn nước ngoài về nông nghiệp hữu cơ để tiêu thụ trong nước phải được chứng nhận bởi tổ chức chứng nhận có đủ điều kiện theo quy định khoản 2 Điều 9 Nghị định 109/2018/NĐ-CP.