Kết quả kiểm toán 9 dự án BOT trong năm 2019 của Kiểm toán Nhà nước đã chỉ ra hàng loạt thiếu sót, vi phạm của cơ quan quản lý nhà nước và nhà đầu tư.
Cụ thể, trong số 9 dự án BOT, có dự án được Bộ Giao thông vận tải cho phép lập dự án trước khi Chính phủ chấp thuận chủ trương dự án; không thực hiện quy trình lập, phê duyệt và công bố danh mục dự án BOT; phê duyệt dự án trước khi có báo cáo đánh giá tác động môi trường. Điển hình cho sai sót này là dự án cải tạo nâng cấp luồng sông Sài Gòn đoạn từ cầu đường sắt Bình Lợi tới cảng Bến Súc theo hình thức hợp đồng BOT.
Có dự án không công bố danh mục dự án, không tổ chức đấu thầu rộng rãi để lựa chọn nhà đầu tư (dự án mở rộng Xa lộ Hà Nội và Quốc lộ 1, đoạn từ ngã ba trạm 2 cũ đến nút giao Tân Vạn). Và hầu hết các dự án BOT được kiểm toán đều được chỉ định nhà thầu thi công.
Nhiều dự án xác định sai, làm tăng tổng mức đầu tư như: dự án đầu tư xây dựng tuyến đường bộ ven biển đoạn qua địa bàn thành phố Hải Phòng và 9 km trên địa bàn tỉnh Thái Bình theo hình thức đối tác công tư (sai tăng 45,4 tỉ đồng); dự án đường cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận giai đoạn 1 theo hình thức BOT - kiểm toán đợt 2 sai tăng 61,9 tỉ đồng; dự án cải tạo nâng cấp luồng sông Sài Gòn đoạn từ cầu đường sắt Bình Lợi tới cảng Bến Súc theo hình thức hợp đồng BOT sai tăng 7,7 tỉ đồng…
Công tác thu xếp vốn tín dụng của nhà đầu tư tại một số dự án cũng bị xác định là chưa đảm bảo quy định hợp đồng BOT, ví dụ như: dự án cao tốc Trung Lương Mỹ Thuận giai đoạn 1 - kiểm toán đợt 1; dự án cao tốc Bắc Giang - Lạng Sơn đoạn Km 45+100 Km108+500, kết hợp tăng cường QL1 đoạn Km1+800 - Km106+500 tỉnh Bắc Giang và tỉnh Lạng Sơn theo hình thức hợp đồng BOT (dự án thành phần 2 chưa ký kết được hợp đồng tín dụng).
Có dự án lại sử dụng nguồn vốn thu phí BOT để hoàn vốn cho hạng mục không thuộc dự án. Điển hình là dự án BOT An Sương - An Lạc sử dụng nguồn vốn thu phí BOT để hoàn vốn cho hạng mục cầu Tân Kỳ Tân Quý không thuộc trên tuyến đường dự án với tổng mức đầu tư 312 tỉ đồng. Tính đến ngày 31.12.2018, chi phí đầu tư đã thanh toán cho hạng mục này 91 tỉ đồng, tổng vốn thanh toán 103 tỉ đồng.
Cụ thể: dự án mở rộng Xa lộ Hà Nội và Quốc lộ 1, đoạn từ ngã ba trạm 2 cũ đến nút giao Tân Vạn theo hình thức BOT sai 22, tỉ đồng; Dự án cải tạo nâng cấp luồng sông Sài Gòn đoạn từ cầu đường sắt Bình Lợi tới cảng Bến Súc theo hình thức hợp đồng BOT sai 3,8 tỉ đồng; dự án cao tốc Trung Lương Mỹ Thuận giai đoạn 1 (kiểm toán đợt 1 sai dự toán 36,7 tỉ đồng, kiểm toán đợt 2 sai dự toán 21,3 tỉ đồng).
Một số dự án chậm tiến độ so với kế hoạch như dự án đường cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận giai đoạn 1 theo hình thức hợp đồng BOT chậm 5 tháng; dự án ĐTXD đoạn qua thị xã Ninh Hòa (km0 – Km2+897, cải tạo nâng cấp tuyến QL26 đoạn km 3+411 km 15+350 (tỉnh Khánh Hòa), đoạn km84+300 – Km88+383, km 91+383 – Km98+800, Km101+800 - Km112+800 (tỉnh Đắk Lắk) và thảm BTN một số đoạn tuyến QL26 cũ trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa và tỉnh Đắk Lắk theo hình thức hợp đồng BOT chậm 2 tháng; dự án cải tạo, nâng cấp QL1A đoạn An Sương - An Lạc chậm 5 tháng (dự án thời kỳ I).
Kết quả kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị xử lý 925 tỉ đồng; giảm thời gian thu phí hoàn vốn của 7/9 dự án 56,4 năm so với phương án ban đầu.
Các dự án bị đề nghị giảm thời gian thu phí gồm: dự án cầu Hoà Trung (15,8 năm), dự án cầu Chà Là (13,9 năm); dự án tuyến đường bộ ven biển đoạn qua địa bàn thành phố Hải Phòng và 09 km trên địa bàn tỉnh Thái Bình theo hình thức đối tác công tư (1 năm);
Dự án nâng cấp mở rộng 04 đoạn tuyến Quốc lộ 60 nối cầu Rạch Miễu đến cầu Cổ Chiên thuộc địa bàn tỉnh Bến Tre theo hình thức hợp đồng BOT (7 năm); dự án đầu tư xây dựng công trình cải tạo, nâng cấp luồng sông Sài Gòn đoạn từ cầu đường sắt Bình Lợi tới cảng Bến Súc theo hình thức hợp đồng BOT (7,5 năm); Dự án BOT cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1A đoạn An Sương - An Lạc (6,3 năm); dự án đầu tư xây dựng đoạn thị xã Ninh Hòa và cải tạo QL26 tỉnh Khánh Hòa (4,9 năm).
Về kết quả kiểm toán 29 dự án BT tại các địa phương, cơ quan kiểm toán chỉ rõ hầu hết các dự án đều chỉ định nhà đầu tư; có dự án chỉ định nhà đầu tư sau khi triển khai thi công dự án; các dự án chủ yếu do nhà đầu tư đề xuất và đưa vào danh mục đầu tư, chuyển đổi hình thức đầu tư dự án từ sử dụng vốn NSNN sang đầu tư theo hình thức đối tác công tư (PPP) và dự án do nhà đầu tư đề xuất không lấy ý kiến các bộ, ngành theo quy định; không thực hiện xây dựng và công bố danh mục dự án; lựa chọn nhà đầu tư hạn chế năng lực tài chính nên phải thay đổi từ hình thức thanh toán bằng đất sang bằng tiền.
Bên cạnh đó, có tình trạng xác định tổng mức đầu tư ban đầu không chính xác. Cụ thể, tại Hà Nội, hầu hết các dự án xác định tổng mức đầu tư ban đầu lớn hơn nhiều so với giá trị thực tế triển khai (Dự án Xây dựng tuyến đường từ đê Ngọc Thụy đến Khu đô thị mới Thượng Thanh, quận Long Biên giảm dự toán 69,2 tỉ đồng, chi phí đền bù GPMB giảm 754,3 tỉ đồng; Dự án Xây dựng đường 2,5 đoạn Đầm Hồng - Quốc lộ 1A giảm 251,4 tỉ đồng; Dự án Cải tạo và xây dựng hệ thống cống nối thông hồ Vục, hồ Đầu Băng và hồ Tư Đình, quận Long Biên giảm 26 tỉ đồng, chi phí đền bù GPMB giảm 59,8 tỉ đồng).
Ngoài ra, việc phê duyệt dự án sau khi triển khai thi công và chưa có báo cáo đánh giá tác động môi trường; phê duyệt điều chỉnh một số nội dung không đúng quy định và còn sai sót, phê duyệt diện tích và giá đất tạm tính vượt giá trị dự án BT; phê duyệt điều chỉnh dự án chưa xác định rõ nguồn vốn hợp pháp khác; ký hợp đồng BT sau khi nhà đầu tư đã thực hiện thi công và ký kết phụ lục hợp đồng bổ sung chi phí lãi vay từ thời điểm phê duyệt.