Khoa Y học cổ truyền vận dụng chẩn trị theo các phương pháp Đông Y kết hợp với Y học hiện đại, và các phương pháp không dùng thuốc như châm cứu, điện châm, nhĩ châm, xoa bóp, bấm huyệt, giác hơi, khí công dưỡng sinh để điều trị có hiệu quả các bệnh lý về cơ xương khớp, rối loạn dẫn truyền thần kinh, di chứng tai biến mạch máu não, đau dây thần kinh... Chuyên khoa này còn triển khai mô hình nghiên cứu dược lý, thừa kế các kỹ thuật chế biến thuốc cổ truyền, nghiên cứu bào chế thuốc theo khoa học,nghiên cứu tế bào, nuôi cấy, thử nghiệm tế bào gốc. Các bệnh lý phổ biến thường được tìm đến khoa Y học cổ truyền như: viêm đa khớp dạng thấp, viêm phế quản mạn tính, liệt cơ mặt, trĩ, Parkinson, rối loạn kinh nguyệt,...