Tuy nhiên, điều đáng lưu tâm là chất lượng nước sinh hoạt nông thôn của tỉnh này chưa có sự đồng đều. tại một số công trình cấp nước tự chảy, nhất là ở 2 huyện miền núi khánh sơn và khánh vĩnh, việc xử lý nước chưa thực sự bảo đảm chất lượng do công nghệ xử lý đã lạc hậu; chất lượng nước nguồn suy giảm, có nguy cơ ô nhiễm.
Ngoài ra, công tác duy tu, duy trì trạm xử lý và đường ống chưa được quan tâm thực hiện thường xuyên dẫn đến công trình nhanh xuống cấp, hư hỏng... Tại thời điểm nắng nóng kéo dài dẫn đến khô hạn, thiếu nước vào cuối tháng 5/2020, qua rà soát có hơn 43 khu vực tại các địa phương: Khánh Sơn, Khánh Vĩnh, Cam Lâm, Vạn Ninh, Cam Ranh bị thiếu nước sinh hoạt.
Tại những khu vực này, toàn bộ giếng đào hầu như cạn kiệt nước; các hệ thống cấp nước thiếu nguồn nước gây ảnh hưởng đến khoảng 2.500 hộ. cùng với đó, hồ chứa nước suối dầu và các nhánh sông nhỏ hợp lưu sông suối dầu bị cạn kiệt đã gây thiếu hụt nguồn nước cấp cho hệ thống cấp nước diên lộc - diên bình - diên hòa, huyện diên khánh, trong khi hệ thống này đảm nhiệm cấp nước sinh hoạt cho hơn 2.300 hộ/10.000 khẩu thuộc xã bình lộc và diên hòa.