Bình thường, buồng tử cung được bao phủ một lớp niêm mạc ngăn cách với lớp cơ tử cung nên còn được gọi là nội mạc tử cung. lớp niêm mạc này chịu tác dụng hoạt động của estrogen trong chu kì kinh nguyệt của người phụ nữ. hàng tháng, dưới tác dụng của estrogen ở buồng trứng, lớp niêm mạc này phát triển để cuối chu kì kinh nguyệt do sụt giảm estrogen, lớp niêm mạc này bong ra tạo thành kinh nguyệt. như vậy lớp niêm mạc này chỉ có trong buồng tử cung. khi những niêm mạc này ở ngoài buồng tử cung thì được gọi là lạc nội mạc tử cung (lnmtc).
Hiện nay vẫn chưa xác định được chính xác nguyên nhân gây ra tình trạng này nhưng có một số tác nhân được đề cập đến.
Thứ nhất là do sự trào ngược kinh nguyệt. bình thường, khi hành kinh, tử cung có những cơn co bóp nhẹ từ thân xuống cổ tử cung (ctc) để đẩy huyết kinh và những niêm mạc tử cung bong ra ngoài, nhưng ở một người nào đó lại có những cơn ngược khi hành kinh nên đẩy huyết kinh ngược lên và huyết kinh này tràn vào vòi trứng và ổ bụng. trong huyết kinh này có những tế bào nội mạc tử cung còn “tươi” nghĩa là vừa bong ra “chu du” khắp ổ bụng đến chỗ nào thì dừng lại và phát triển rồi cũng chịu sự tác dụng của estrogen hàng tháng nên to lên nhưng khác với khi những tế bào này trong tử cung là được bong ra và tống xuất ra ngoài nhưng trong ổ bụng chúng làm thành những kén (những ổ lnmtc) không bong ra mà ngày càng to lên. khi càng có nhiều niêm mạc vào ổ bụng thì càng tạo nên nhiều ổ lnmtc.
Thứ hai là giả thuyết cho rằng trong cơ thể có những tế bào dự trữ bỗng nhiên có một ngày phát triển và biến thành những ổ lnmtc, hoặc do dị sản của những tế bào nguyên thủy của vòi tử cung khi thai ra đời.
Thứ ba là do khi mổ lấy thai (thường gặp) hoặc can thiệp vào lòng tử cung (can thiệp phụ khoa) làm cho niêm mạc tử cung rơi vào ổ bụng mà gây nên lnmtc.
Khi bị lnmtc, người bệnh thường thấy xuất hiện những cơn đau vùng chậu trong thời kỳ hành kinh và ngày càng nặng hơn, đau trong hoặc sau khi quan hệ T*nh d*c, đau dữ dội trong thời gian hành kinh, có máu trong phân hoặc nước tiểu, chảy máu *m đ*o sau khi quan hệ T*nh d*c... lnmtc gây nên tình trạng viêm nhiễm làm dính vùng tiểu khung, hai vòi tử cung bị xoắn vặn hoặc bị viêm gây xơ cứng khiến sự di động bị hạn chế hoặc mất đi, không đón được noãn khi phóng ra từ buồng trứng (hay gọi là trứng rụng).
Khi lnmtc tại buồng trứng sẽ phá hủy tổ chức của buồng trứng đương nhiên phá hủy luôn các nang noãn hoặc do viêm nhiễm và dính với buồng trứng dầy lên ngăn cản sự phóng noãn. khi lnmtc nằm trong thành vòi tử cung sẽ làm cho vòi tử cung kém mềm mại ảnh hưởng đến sự di chuyển của tinh trùng hoặc noãn, thậm chí nếu to sẽ ngăn cản hoặc là bít làm tắc lòng vòi tử cung mà gây vô sinh. khi lnmtc trong thành có tử cung sẽ làm biến đổi môi trường buồng tử cung làm cho phôi (nếu noãn đã được thụ tinh) sẽ ch*t. tình trạng viêm dính nhiều trong ổ bụng làm hạn chế hoặc ngăn cản di động của vòi tử cung. tuy nhiên, lnmtc vẫn có thể có thai được nhưng kết quả không cao vì sự phát triển của khối lạc nội mạc tử cung thường theo tỉ lệ thuận với thời gian mà khả năng có thai lại tỉ lệ nghịch với thời gian. nếu khối lnmtc bé và ít (mức độ nhẹ) thì tỉ lệ có thai cao, còn khối to, nhiều, dính ổ bụng thì khả năng có thai khó khăn hơn.