Hội nghị đã nhận được nhiều ý kiến trao đổi, đóng góp, thảo luận và thống nhất kiến nghị với Bộ Y tế, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, lãnh đạo đơn vị và với đoàn viên. Riêng kiến nghị đối với Lãnh đạo Đảng, Nhà nước, đoàn viên, người lao động ngành Y có 5 kiến nghị, cụ thể:
Về chính sách giá viện phí: Hiện nay, giá viện phí mới được tính 4/7 yếu tố đối với các dịch vụ y tế, trong khi 100% các bệnh viện phải tiến tới thực hiện cơ chế tự chủ hoàn toàn. Đây là một khó khăn lớn, các bệnh viện rất khó khăn trong việc lo lương và thu nhập tăng thêm cho cán bộ y tế. Ngành Y đề nghị Đảng, Chính Phủ ban hành chính sách viện phí được tính đúng, tính đủ chi phí để bảo đảm duy trì sự hoạt động của các bệnh viện, trong đó có chi phí bảo đảm an toàn cho cán bộ y tế.
Về chính sách lương khởi điểm của bác sĩ: Ngành Y là một ngành đặc biệt theo Nghị quyết 46/NQ-BCT của Bộ Chính trị, nhân lực y tế phải đáp ứng yêu cầu chuyên môn và y đức, có cơ chế đào tạo đặc thù. Riêng đối với bác sĩ, thời gian đào tạo kéo dài 6 năm so với các ngành khác thời gian đào tạo chỉ là 4 năm. Tuy nhiên, phải mất 18 tháng thực hành mới được hưởng lương bậc 1. Các ngành khác, chế độ tiền lương chi trả sau 4 năm đại học mức lương khởi điểm là 2,34. Đây là một bất cập, đề nghị chế độ chính sách tiền lương khởi điểm riêng đối với bác sĩ ngành Y, được áp dụng mức khởi điểm tương được bậc 2 là 2,67.
Về chính sách thâm niên nghề: So sánh với ngành Giáo dục, 2 ngành được xã hội tôn vinh là thầy, lao động trong ngành Y có phần vất vả, độc hại hơn nhiều, nhưng lao động ngành Y không được hưởng chế độ thâm niên nghề như hiện nay ngành Giáo dục được hưởng. Ngành Y đề nghị Đảng, Chính phủ quan tâm đến chế độ được hưởng chế độ thâm niên nghề y như đối với ngành Giáo dục.
Về Phụ cấp ưu đãi nghề: theo Nghị định số 56/2011/NĐ-CP ngày 4/7/2011 của Chính Phủ, cán bộ y tế được hưởng mức độ từ 20 tới 70% chế độ phụ cấp ưu đãi nghề. Rất nhiều đối tượng lao động làm việc trong điều kiện môi trường độc hại bệnh viện, vẫn phải tiếp xúc với người bệnh, mầm bệnh nhưng lại không được hưởng phụ cấp này. Ngành Y đề nghị Đảng, Chính phủ quan tâm nâng phụ cấp ưu đãi nghề lên 100% và mở rộng một số đối tượng người lao động trong ngành cùng được hưởng phụ cấp ưu đãi nghề.
Về chính sách thu hút: Đối với các lĩnh vực đặc biệt trong ngành Y như Phong, Lao, Tâm thần, HIV/AIDS, Hồi sức cấp cứu, Giải phẫu bệnh… là những công việc có yếu tố nguy hiểm, cần tập trung cao độ tâm sức, trí tuệ của cán bộ y tế, nhưng hiện nay chưa có cơ chế phù hợp trong thu hút lao động này. Một số ngành đặc biệt sắp trở thành ngành không có nhân lực chất lượng cao. Ngành Y đề nghị Đảng, Nhà nước có chính sách đặc biệt hấp dẫn để thu hút nhân lực trong các lĩnh vực này.