KTNN đã phát hiện hàng loạt trong quá trình lập, thẩm định, phê duyệt chủ trương đầu tư, điều chỉnh tăng vốn và ký kết hợp đồng dự án. Việc điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án từ 8.769 tỷ đồng lên 18.001 tỷ đồng, tăng 205% so với tổng vốn đầu tư ban đầu được duyệt. Tuy nhiên, khi quyết định điều chỉnh tăng vốn vào tháng 2/2016, Bộ Giao thông Vận tải (GTVT) không báo cáo Thủ tướng để trình Quốc hội thông qua chủ trương là chưa thực hiện đúng Nghị quyết 49 của Quốc hội, trái với quy định của Luật Đầu tư công (dự án sử dụng vốn đầu tư công từ 10.000 tỷ đồng trở lên phải trình Quốc hội xem xét, quyết định chủ trương và Thủ tướng Chính phủ ra quyết định đầu tư).
Về tài chính của dự án đến ngày 30/6/2018, số vốn đầu tư vào đô thị Cát Linh - Hà Đông theo báo cáo của chủ đầu tư khoảng 11.337 tỷ đồng nhưng kết quả kiểm toán chỉ ghi nhận khoảng 8.679 tỷ đồng đã đầu tư vào dự án. Số chênh lệch khoảng 2.656 tỷ đồng do chủ đầu tư tính sai khối lượng 360 triệu đồng, sai đơn giá 175 tỷ đồng, sai khác 698 tỷ đồng, chưa đủ điều kiện quyết toán 1.781 tỷ đồng. Chỉ riêng hạng mục thiết bị và đoàn tàu của Dự án Cát Linh - Hà Đông đã được điều chỉnh tăng vốn khoảng 3.143 tỷ đồng. Trong đó, hạng mục đoàn tàu tăng 364 tỷ đồng, tương ứng mức tăng 34,4%, hạng mục thiết bị tăng 2.778 tỷ đồng, tương ứng mức tăng 227%.
Bên cạnh đó, Bộ GTVT đã phê duyệt phụ lục hợp đồng EPC phần thiết bị với đơn giá 178,7 triệu USD, cao hơn khoảng 8,3 triệu USD so với giá trong hợp đồng EPC không đúng chỉ đạo của Thủ tướng. Trong quá trình đàm phán, Ban Quản lý (Bộ GTVT) chưa làm rõ chênh lệch tăng 3,19 triệu USD trong việc thay đổi vật liệu vỏ tàu, chi phí vận chuyển tăng 3,945 triệu USD theo quy định của Bộ GTVT.
Ngoài ra, KTNN cũng chỉ ra lưu lượng hành khách sử dụng Cát Linh - Hà Đông được đơn vị tư vấn Trung Quốc giả định tính toán, phân tích hiệu quả kinh tế của dự án cao hơn nhiều lần so với số liệu dự báo của Viện Chiến lược GTVT. Khi phân tích hiệu quả kinh tế dự án, chủ đầu tư không xem xét đến chi phí vận hành cao, chiếm tỷ trọng lớn trong giai đoạn khai thác dự án nên kết luận Cát Linh - Hà Đông hiệu quả về kinh tế là thiếu chính xác. Phương án tài chính của Dự án Cát Linh - Hà Đông ngay từ khi lập dự án đã phải bù lỗ nhưng các bên liên quan chưa đề xuất phương án khai thác hiệu quả...
Chiếu theo hợp đồng EPC đã ký giữa Bộ GTVT và Tổng thầu Trung Quốc, thời gian hoàn thành, chạy thử và bàn giao công trình không quá 48 tháng (kể từ năm 2010) và được điều chỉnh đến ngày 30/9/2017. Tuy nhiên, Dự án đã chậm tiến độ thêm 4 năm mà vẫn chưa được bàn giao. KTNN cho rằng chủ đầu tư chưa làm rõ trách nhiệm của Tổng thầu. Ban Quản lý phải làm rõ trách nhiệm của Tổng thầu và các bên liên quan đối với những thiệt hại về tiến độ để xử lý theo quy định của hợp đồng EPC đã ký.
Với những sai phạm trên, KTNN kiến nghị Ban Quản lý xử lý về tài chính gần 900 tỷ đồng. Trong đó, xử lý tài chính đối với tổng thầu EPC là hơn 600 tỷ đồng. Ban Quản lý phải xác định trách nhiệm của các đơn vị tư vấn còn để xảy ra các tồn tại, sai sót để xử lý theo quy định của hợp đồng. KTNN cũng kiến nghị Bộ GTVT chấn chỉnh công tác đầu tư công, kiểm điểm trách nhiệm của cá nhân, tập thể trong việc phê duyệt điều chỉnh tổng mức đầu tư sai quy định.
KTNN yêu cầu Bộ GTVT tổ chức kiểm điểm tập thể, cá nhân và tổ chức cá nhân phê duyệt điều chỉnh tổng mức đầu tư Dự án lên 18.000 tỷ đồng, chưa thực hiện nghiêm túc chỉ đạo của Thủ tướng về giá trọn gói mua sắm thiết bị giảm tối thiểu 5% so với dự toán phần thiết bị... Kết quả thực hiện các kiến nghị này phải được gửi về KTNN trước ngày 30/9/2019.
Trước kết luận của KTNN, đại diện Bộ GTVT cho biết, Bộ đang tổng hợp các thông tin liên quan. Xung quanh những sai phạm được chỉ ra, nhiều ý kiến chuyên gia và dư luận đều cho rằng cần sớm làm rõ trách nhiệm cũng như xử lý nghiêm các tập thể, cá nhân có liên quan. Mới đây nhất, Nghị quyết phiên họp Chính phủ thường kỳ tháng 8, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã yêu cầu Bộ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Văn Thể chủ động biện pháp xử lý dứt điểm hoặc đề xuất cấp trên xử lý (nếu vượt thẩm quyền) với Dự án đường sắt đô thị Cát Linh - Hà Đông. Nghị quyết của Chính phủ cũng nhấn mạnh yêu cầu, không để tình trạng chậm trễ tiến độ đầu tiên ở Hà Nội này kéo dài, gây mất lòng tin trong nhân dân.
Thế Vinh