Theo thanh tra, ngày 5/8/2009, Tổng công ty (TCT) Thái Sơn - Bộ Quốc phòng (viết tắt là Tổng công ty Thái Sơn) có Quyết định số 823/QĐ-TS về việc góp vốn đầu tư bằng nguồn vốn tự có tại Công ty Thái Sơn Bộ Quốc phòng trị giá 10,2 tỷ đồng, tương đương 51% vốn điều lệ. Trong số đó, ủy quyền cho ông Đinh Ngọc Hệ (còn gọi là “Út trọc”, Phó Tổng Giám đốc TCT Thái Sơn) đại diện quản lý 21% và ông Cung Đình Minh, Tổng Giám đốc, quản lý 30% vốn điều lệ của TCT Thái Sơn tại Công ty Thái Sơn Bộ Quốc phòng nhưng không báo cáo và chưa có ý kiến chấp thuận bằng văn bản của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, vi phạm quy định tại Khoản 6, Điều 16 Điều lệ về tổ chức và hoạt động của TCT Thái Sơn ban hành kèm theo Quyết định số 15/2007/QĐ-BQP ngày 22/1/2007 của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng.
Kết luận thanh tra chỉ rõ, việc TCT Thái Sơn chuyển nhượng, thanh toán toàn bộ phần vốn góp tại Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng là không đúng quy định, thiếu công khai, minh bạch; TCT Thái Sơn chưa làm đúng vai trò chủ sở hữu vốn Nhà nước tại Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng, trong đó có nhiệm vụ thanh kiểm tra và đánh giá Báo cáo tài chính hợp nhất của TCT theo quy định tại Khoản 7, Điều 16, Quyết định số 15/2007/QĐ-BQP ngày 22/1/2007 của Bộ Quốc phòng.
Bị cáo Đinh Ngọc Hệ (biệt danh “Út trọc”) tại phiên xét xử phúc thẩm liên quan đến những sai phạm xảy ra tại Tổng Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng.
Qua kiểm tra hồ sơ, tài liệu hiện có của Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng, TTCP kết luận: Hầu hết các báo cáo tài chính từ khi thành lập năm 2009 đến năm 2017 được sử dụng để kê khai quyết toán thuế hằng năm với các cơ quan thuế nhưng không được kiểm toán. Nhưng trong các hồ sơ xin vay vốn của Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng tại các chi nhánh của Ngân hàng BIDV (Thành Đô, Bà Chiểu...); hồ sơ tham gia liên danh nhà đầu tư các dự án BOT, BT (Cầu Việt Trì mới, Quốc lộ 20 đoạn Km123-Km268) và hồ sơ dự thầu một số gói thầu xây lắp lại có các báo cáo tài chính có đóng dấu, ký xác nhận của một số công ty kiểm toán (như FAC, HDT, VNASC, SG-VN, Đệ Nhất...). Qua xác minh, một số đơn vị tư vấn đã xác nhận không thực hiện kiểm toán các báo cáo tài chính của Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng.
Về số liệu tại các báo cáo tài chính “được cho là đã kiểm toán” để xin vay vốn, dự thầu đều phản ánh Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng có đủ năng lực, nhưng so với báo cáo tài chính để quyết toán thuế hàng năm có nhiều sai khác, không đúng thực tế, tình hình tài chính rất yếu kém, tỷ suất lợi nhuận trên vốn chủ sở hữu luôn âm, lỗ (năm 2015 lỗ 4,21 tỷ đồng; năm 2016 lỗ 5,975 tỷ đồng, năm 2017 lỗ 628 triệu đồng). “Những việc làm trên của Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng, các đơn vị, cá nhân liên quan có dấu hiệu giả mạo hồ sơ, số liệu báo cáo tài chính trong việc xin vay vốn ngân hàng và tham gia dự thầu các dự án”, kết luận thanh tra nhận định.
Trong việc thực hiện các dự án đầu tư Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng có dấu hiệu giả mạo hồ sơ, tài liệu (như báo cáo tài chính, xác nhận của đơn vị kiểm toán, năng lực máy móc, thiết bị, nhân công, kinh nghiệm...) để xin vay vốn ngân hàng, tham gia dự thầu tại các dự án được thanh tra (như cầu Việt Trì mới, Quốc lộ 20...) nhưng vẫn được các chủ đầu tư, các cơ quan có thẩm quyền trình, thẩm định, phê duyệt chỉ định nhà đầu tư, chỉ định thầu, trúng thầu thi công xây lắp nhiều gói thầu, dự án với giá trị lớn. Sau khi được lựa chọn là nhà thầu, Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng đã chuyển nhượng thầu trái quy định cho các doanh nghiệp khác để hưởng lợi.
Căn cứ vào kết luận thanh tra, TTCP đã chuyển hồ sơ sang Cơ quan Điều tra của Bộ Công an để điều tra, làm rõ và xử lý theo quy định đối với bốn nội dung. Cụ thể là, việc giả mạo hồ sơ, tài liệu như báo cáo tài chính, hồ sơ kê khai về máy móc thiết bị, nhân công, kinh nghiệm, hóa đơn giá trị gia tăng... không đúng thực tế để tham gia dự thầu tại các dự án mà Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng đã trúng thầu với vai trò là nhà đầu tư và nhà thầu xây lắp; Việc thực hiện chuyển nhượng thầu sai quy định tại các dự án được lựa chọn, trúng thầu, ảnh hưởng đến hiệu quả đầu tư của dự án, trong đó có dấu hiệu thanh toán khống khối lượng tại gói thầu số 6 thuộc Dự án kéo dài và nâng cấp đường cất hạ cánh, đường lăn và sân đỗ máy bay - Cảng hàng không Pleiku; Việc vi phạm các quy định về vay vốn ngân hàng: kê khai, giả mạo hồ sơ về báo cáo tài chính, năng lực, kinh nghiệm; sử dụng tài sản đảm bảo không đủ căn cứ pháp lý để vay vốn tại các ngân hàng; Dấu hiệu trốn thuế, bảo hiểm: hạch toán thiếu doanh thu trên 135 tỷ đồng và không đóng bảo hiểm 205 triệu đồng.
TTCP cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Quốc phòng tiếp nhận hồ sơ để xem xét, điều tra, xử lý theo quy định đối với các vi phạm trong việc góp, chuyển nhượng và quản lý vốn chủ sở hữu của TCT Thái Sơn tại Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng...