Các loại chi phí từ nhân công, ca máy, nguyên vật liệu, vận chuyển cho đến lãi vay, lãi bảo toàn vốn và thuế giá trị gia tăng đều được kiểm toán xác định cao hơn thực tế. Chưa kể, có nhà đầu tư còn được ưu ái chỉ định thầu khi chưa báo cáo năng lực tài chính, thậm chí còn được hoàn thuế giá trị gia tăng hàng trăm tỉ đồng. Nếu không có sự vào cuộc của Kiểm toán Nhà nước, hàng trăm tỉ đồng đã nằm yên trong túi nhà đầu tư, đồng nghĩa ngân sách bị thiệt hại.
Trong bối cảnh ngân sách đầu tư cho giao thông ở TP.HCM luôn thiếu hụt, việc các doanh nghiệp tham gia đầu tư hạ tầng đã mang lại nhiều hiệu ứng tích cực, các công trình hoàn thành giúp giao thông thuận lợi, góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế. Thế nhưng, khi nhìn lại những dự án BT đầy tai tiếng, có lẽ chính quyền TP.HCM cũng cần thẳng thắn nhìn lại những thiếu sót để chấn chỉnh kịp thời. Bởi dù luật đầu tư theo phương thức Đối tác công - tư mới được Quốc hội thông qua đã tạm dừng hợp đồng BT thì tại TP.HCM, nhiều dự án theo hình thức này vẫn đang triển khai.
Nguyên nhân dẫn đến sai sót đã được chỉ ra, là do năng lực nhà đầu tư hạn chế cùng với sự lỏng lẻo trong công tác thẩm định dự án, ký kết hợp đồng, áp dụng đơn giá quyết toán theo hướng có lợi cho nhà đầu tư... Do đó, TP.HCM cần rà soát lại các hợp đồng đã ký kết để điều chỉnh, phần nào chi sai phải thu hồi hoặc giảm thanh toán đúng với giá trị thực tế, không để ngân sách thiệt hại. Không chỉ vậy, với những dự án đang thi công ì ạch, vấn đề mặt bằng luôn là bài toán khó và nằm ngoài khả năng giải quyết của nhà đầu tư, nếu chính quyền tiếp tục chậm trễ thì nguy cơ trễ tiến độ, kéo theo tăng tổng mức đầu tư và lãi vay là điều hoàn toàn có thể xảy ra.